Sustentabilidad
La contribución real de los biocombustibles para la protección del clima depende de diversos factores.
La reducción de emisiones de gases de efecto invernadero (GEI) depende del tipo de biocombustible, la materia prima utilizada y la región donde la misma ha sido cultivada. Normalmente las materias primas provenientes de regiones tropicales permiten una mayor reducción de GEI que los recursos agrícolas cultivados en Europa. Aparte, los biocombustibles compiten con otras fuentes de energía alternativa como la energía eólica, la hidráulica, biogás, etc. Por supuesto los costos de reducción de GEI varían en ellas también. Está claro que los biocombustibles, en comparación con otras fuentes de energía alternativa, solamente pueden ser competitivos bajo determinadas condiciones. El etanol de Brasil, por ejemplo, registra costos de reducción negativos, dado que el etanol es mas barato que la gasolina convencional.
Por otro lado, los costos de reducción de las emisiones de biocombustibles producidos en Europa son claramente más altos que los costos producidos por la energía eólica, hidráulica y generación térmica. Sin embargo, el balance de carbono de los biocombustibles producidos con materia prima cultivada en regiones tropicales no está libre de controversias. Puesto que para proveer a la demanda mundial, las tierras actualmente cultivadas no son suficientes, cada vez más áreas son convertidas en plantaciones agrícolas. Así, grupos ambientales acusan Indonesia, por ejemplo, de transformar tierras de la selva tropical de Borneo en plantaciones de palma. Grandes cantidades gases de efecto invernadero, que hasta entonces eran acumuladas por la selva tropical son liberadas para que el balance de carbono del biodiesel sea negativo en relación al combustible fósil. Brasil también es acusado de ampliar la producción agrícola de caña de azúcar hacia la selva amazónica, lo que empeora drásticamente el balance de carbono del biocombustible brasileño.