Nachhaltigkeit
Ob Biokraftstoffe tatsächlich einen Beitrag zum Klimaschutz leisten können, hängt von mehreren Einflussfaktoren ab.
So variiert die Einsparung von Treibhausgasen mit der Art des Biokraftstoffs, mit dem verwendeten agrarischen Rohstoff und mit der Region, in der die Rohstoffe angebaut werden. Generell ermöglichen Rohstoffe aus tropischen Regionen eine höhere Einsparung an Treibhausgasen als heimische Rohstoffe. Darüber hinaus stehen sie im Wettbewerb mit anderen alternativen Energieträgern wie Windenergie, Biogas, Wasserkraft etc. Entsprechend variieren auch die Kosten der Treibhausgasvermeidung. Sie verdeutlichen, dass Biokraftstoffe im Vergleich zu anderen erneuerbaren Energieträgern unter bestimmten Bedingungen konkurrenzfähig sein können. Ethanol aus Brasilien weist sogar teilweise negative Vermeidungskosten auf, da Ethanol billiger als konventionelles Benzin ist.
Dagegen sind die Vermeidungskosten heimischer Biokraftstoffe deutlich höher als die der Windenergie, der Wasserkraft und der Biomasse-Heizkraftwerke. Allerdings ist die Treibhausgasbilanz tropischer Biokraftstoffe nicht unumstritten. Da diese nicht in ausreichendem Maße auf den existierenden Anbauflächen erzeugt werden können, um die Weltmarktnachfrage zu befriedigen, werden zunehmend zusätzliche Flächen konvertiert. So werfen Umweltgruppen Indonesien vor, insbesondere auf Borneo Urwald zu Palmölplantagen umzuwandeln. Dabei werden große Mengen an Treibhausgasen freigesetzt, die bisher im Regenwald gebunden waren, so dass die Treibhausbilanz des Biodiesels im Vergleich zu fossilem Dieselkraftstoff letztlich negativ ausfällt. Auch Brasilien wird vorgeworfen, die landwirtschaftliche Produktion durch die Ausweitung der Anbauflächen für Zuckerrohr bis hinein in den Regenwald des Amazonas zu verdrängen und so die Treibhausgasbilanz brasilianischer Biokraftstoffe drastisch zu verschlechtern.